ইডি তাঁকে গ্রেফতার করার পর নতুন করে পার্থ চট্টোপাধ্যায়ের পিএইচডি সংক্রান্ত বিতর্ক সামনে এসেছে। প্রথম অভিযোগ ছিল, ৪৮ দিনের কোর্সওয়ার্কে মাত্র ২ দিন উপস্থিত ছিলেন পার্থ (Partha Chatterjee)। দ্বিতীয় অভিযোগ, তাঁর গবেষণাপত্রের অধিকাংশই নকল। কংগ্রেস নেতা তথা আইনজীবী অরুণাভ ঘোষের দাবি, পার্থ চট্টোপাধ্যায়ের গবেষণাপত্রের ৭৪ শতাংশ অন্যের গবেষণাপত্র থেকে নেওয়া, তাও আবার ঋণস্বীকার ছাড়াই।
উত্তরবঙ্গ বিশ্ববিদ্যালয়ের অধ্যাপকদের একাংশের অভিযোগ, পার্থ চট্টোপাধ্যায়ের গবেষণাপত্র 'লিখে দেওয়ার' জন্য বেশ কিছু শিক্ষককে প্রস্তাব দেওয়া হয়। কলকাতার ধর্মতলার একটি নামজাদা অভিজাত হোটেলে তাঁদের সঙ্গে দেখা করেন পার্থ।
বিশ্ববিদ্যালয়ের একটি অংশের দাবি, ম্যানেজমেন্ট বিভাগের অস্থায়ী চুক্তিভিত্তিক একজন শিক্ষককে দিয়ে পার্থ চট্টোপাধ্যায়ের গবেষণাপত্র লেখার কাজ করানো হয়। পুরস্কার হিসেবে পরবর্তী কালে তাঁকে রায়গঞ্জ বিশ্ববিদ্যালয়ে উচ্চপদে বসানো হয়।
পার্থ চট্টোপাধ্যায়ের গবেষণার বিষয় ছিল ‘ট্রান্সফর্মিং ইন্ডিয়ান ইকনমি টু নলেজ ইকনমি: দ্য রোল অব হিউম্যান রিসোর্স উইথ রেফারেন্স টু ইন্ডিয়া’। তাঁর গাইড তথা উত্তরবঙ্গ বিশ্ববিদ্যালয়ের তৎকালীন অর্থনীতির অধ্যাপক এবং পরে রায়গঞ্জ বিশ্ববিদ্যালয়ের উপাচার্য পদে আসীন অনিল ভুঁইমালি অবশ্য এই দাবি উড়িয়ে দিয়েছেন। তাঁর দাবি, পার্থ নিজেই লিখে তাঁকে পাঠাতেন। ম্যানেজমেন্ট বিভাগের ওই শিক্ষক মাঝেমধ্যে কম্পিউটারে কম্পোজ করে দিতেন মাত্র। নকলের অভিযোগও মানতে নারাজ পার্থ চট্টোপাধ্যায়ের গাইড। তাঁর দাবি, মাত্র ২ শতাংশ নকল রয়েছে, যা অনুমোদনযোগ্য।