তাঁর আমলেই সবচেয়ে বেশি বিতর্কে জড়িয়েছে বিশ্বভারতী, এমনকি তিনি উপাচার্য থাকাকালীনও একাধিক অভিযোগ এসেছে তাঁর বিরুদ্ধে। মেয়াদ শেষের পরেও যেন বিতর্ক পিছু ছাড়ছে না বিশ্বভারতীর প্রাক্তন উপাচার্য বিদ্যুৎ চক্রবর্তীর। অভিযোগ, বিশ্ববিদ্যালয়ের তিনটি মোবাইল ফেরত না দিয়েই তিনি শান্তিনিকেতন ছেড়েছেন। যেই তিনটি ফোন, বিশ্ববিদ্যালয়ের সম্পত্তি। এর জন্য, তাঁর বেতন থেকে নির্দিষ্ট অঙ্কের টাকা কেটেও নেওয়া হয়েছে বলে খবর বিশ্বভারতী সূত্রে।
৮ নভেম্বর তাঁর মেয়াদ শেষ হয়। সেই তিনটি ফোন বাবদ তাঁর বেতন থেকে ৪৫ হাজার টাকা কেটে নেওয়া হয়েছে। সূত্রের খবর, প্রায় ৩লক্ষ টাকা বেতন পেতেন তিনি। ৮ নভেম্বর অবধি কাজের জন্য তাঁর প্রাপ্য ছিল ৪৯ হাজার টাকা। সেখান থেকেই কেটে নেওয়া হয়েছে ৪৫ হাজার।